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学校前身诞生于1949年9月，第一兵团司令员王震指示卫生部长潘世征建立南疆医训队、新疆军区卫生学校。1954年10月，新疆军区生产建设兵团成立，卫校划归兵团，更名新疆军区生产建设兵团卫生学校。1958年5月，搬迁至石河子。1959年12月，扩升为新疆军区生产建设兵团医学专科学校。1970年5月，新疆军区生产建设兵团撤消，改名石河子医学专科学校。1978年10月26日，命名石河子医学院。1996年9月，石河子农学院与石河子医学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并，组成立石河子大学，划归新疆生产建设兵团。2000年3月，兵团职工大学五家渠部分并入，命名石河子大学五家渠分校。2005年4月，石河子大学化学工程与技术等11个学科纳入教育部援疆学科建设计划，接受天津大学、浙江大学、华中科技大学、四川农业大学、西北农林科技大学支援。

有20个学院，92个本科专业。 临床医学、农业科学、化学3个学科ESI前1%。

　　知名校友：刘江、谢庆生、李在明等。

　　地址：新疆石河子市北四路
　　网址：http://www.shzu.edu.cn/
　　乘车路线：火车站出发,坐4路和5路，到石河子大学。

　　校训：明德正行 博学多能
　　“明德”：明，光明，明亮；德，道德、美德。明德，意使美德发扬光大。语出《大学》“大学之道，在明明德，在亲民，在止于至善”。
　　 “正行”：正，端正，符合标准；行，行为，行动；正行，意使行为端正，举止符合礼仪规范。
　　 “博学”：博，丰富，通晓；学，学问，学识；博学，指学问广博精深。语出《中庸》“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。”
　　 “多能”：多，很多，多种；能，能力，才能。多能，指具有多方面才能。
　　“明德正行，博学多能。”主旨明确，内涵丰富，辞精义达。体现传统文化的传承，蕴涵现代文明的创新，反映我校的办学理念和特色。

　　校徽：为圆形，内圆为绿色，中间白色草书“天山”图形，表示石河子大学位于天山北麓的绿洲新城，同时象征石河子大学勇于创新、敢于拼搏、不断攀登新的高峰；外圆以白色为底，上半部是江泽民主席题写的石河子大学，下半部是石河子大学的大写英文字母“SHIHEZIUNIVERSITY”，为绿色。